Agama Islam mulai dikenal di Kerajaan Kutai Kartanegara pada awal abad ke-16 dan berkembang pada awal abad ke-17, yakni pada masa pemerintahan Sultan Aji Pangeran Sinum Panji Mendapa (sekitar tahun 1635). Hal ini terbukti dengan adanya Undang Undang Dasar Kerajaan yang disebut Panji Selaten dan Kitab Peraturan yang disebut Undang Undang Beraja Nanti yang jelas bersumber kepada hukum Islam. Sejak itulah agama Islam berkembang dengan sangat pesat hingga saat ini.

Agama Kristen menempati kedudukan nomor dua dalam hal banyaknya penganut dan intensifnya penyebaran agama. Mula-mula penyiaran agama ini dilakukan para penginjil dari Jerman dan Swiss. Badan yang mengirimkan perutusan Injil dari Jerman adalah Rheinische Mission Gessellschaft zu Barmen (1863-1925) setelah itu dilanjutkan oleh Evangelische Gessellschaft zu Basel dari Swiss. Kemudian banyak lagi badan-badan Kristen dan Katholik yang melakukan kegiatan-kegiatan penginjilan di wilayah Kutai. Para pengikut agama Kristen dan Katholik sebagian besar adalah dari suku Dayak.

Selain agama yang disebut diatas, sampai saat ini masih ada sebagian penduduk yang menganut kepercayaan asli setempat, mereka terutama adalah kelompok suku Dayak yang masih sedikit mendapat pengaruh dari luar. Kepercayaan asli berpusat pada penyembahan roh-roh lain (animisme) serta percaya pada kekuatan yang tersembunyi dibalik benda-benda alam (dinamisme). Penganut kepercayaan ini memiliki berbagai macam upacara baik yang berhubungan dengan siklus hidup dan kehidupan manusia (kelahiran, kematian, perkawinan, sakit, dsb) dan upacara yang berkaitan dengan siklus pertanian. Dalam menyelenggarakan upacara-upacara ini, masing-masing suku memiliki variasinya sendiri-sendiri.